魏晋名士皇甫谧42岁时患了严重的风痹症，从此半身不遂，卧病在床，加之耳聋，又错服寒食，十分痛苦，于是他开始研读《黄帝内经》(包括《灵枢》《素问》各9卷)《明堂孔穴针灸治要》等。他发现这些医书“三部同归，文多重复，错互非一”，于是乎“乃撰集三部，使事类相从，删其浮辞，除其重复，论其精要，至为十二卷。”原书根据天干编次，内容主要论述医学理论和针灸方法，故命名为《针灸甲乙经》。
《针灸甲乙经》十二卷，一百二十八篇。对人体生理、病理，经脉循行，腧穴总数、部位、取穴，针法、适应症、禁忌症等，都进行了系统的论述。系统整理考订针灸穴位,并重新厘定孔穴之位置，同时增补了典籍未能收人的新穴，使全书定位孔穴达到349个，其中双穴300个，单穴49个，比《黄帝内经》增加189个穴位，即全身共有针灸穴位649个。全书大致可分为两大部分。第一部分是基本理论、针灸基础知识;第二部分是针灸的临床运用。
《针灸甲乙经》的主要成就和历史贡献在于收录穴名349个，明确了穴位的归经和部位，统- 了穴位名称，区分了正名和别名，对穴位的排列和取穴方法具有独创，同时归纳了不同疾病的选穴规律，对后世影响很大。同时，介绍了内科、外科、妇科、儿科、五官科等上百种病症及针灸治疗经验，并对五脏与五官的关系，脏腑与体表器官关系，津液运行，病有标本，虚实补泻，天人相应，脏腑阴阳配合，望色察病，精神状态，音乐对内脏器官的影响，对预防疾病和提倡早期治疗的重视等问题都作了比较详尽的阐述。《针灸甲乙经》既具有对前代经验的总结性，又富有一定的创造性,无论从文献学价值和指导后世针灸发展都有重大的意义。《针灸甲乙经》是继《灵枢》第一次对针灸学术总结之后的第二次总结，奠定了针灸学科理论基础，对针灸学以至整个医学事业的发展作出了不可磨灭的贡献。
作为一个伟大的医学家，中国针灸医学的集大成者，皇甫谧的贡献不仅限于医学方面，同时，他还是一个伟大的历史学家，文学家和哲学家。他留给世人的宝贵遗产并不只限于《针灸甲乙经》和《帝王世纪》等著作。他还给世人留下了取之不尽、用之不竭的精神财富。
经世致用、悬壶济世、不务虚名的求实精神 皇甫谧在出仕与归隐这两条道路之外，为中国古代文人找到了另一条成就自身的通途一既不为宦， 也不归隐，而是把目光投向经世致用。
皇甫谧在《针灸甲乙经序》中说:“若不精通于医道，虽有忠孝之心，仁义之性，君父危困，赤子涂地，无以济之。”这是说一个人虽有忠于国家孝敬父母之心，但在国家危难、父母病痛的情况下却束手无策这种人有什么用呢?于是乎 在目睹了权贵们的血腥斗争之后，他立志不仕，抱病著述，潜心于针灸医学的研创，从而成为一位悬壶济世 、泽惠千秋的名医。
艰难困苦、玉汝于成，勇于探索的科学精神 皇甫谧42岁时患了严重的风痹症，基本瘫痪，他在给晋武帝上疏时说:“久婴笃疾，躯半不仁，右脚偏小，十有九载。又服寒食药，违错节度，辛苦茶毒，于今七年。隆冬裸袒食冰，当暑烦闷，加以咳逆，或若温虐，或类伤寒，浮气流肿，四肢酸重。于今困劣，救命呼吸，父兄见出，妻息长诀。”可见他的身体状况确实很糟，即使如此痛不欲生，他仍然手不释卷，以无比顽强的毅力读书学习。在遍览经典以及为自己扎针治病的过程中，他渐渐发现古代医学的博大精深和医家的奇方妙法，于是开始精研《黄帝内经》《明堂孔穴针灸治要》等书，将前人研究针灸学的成果进行整理总结，找出其规律。在深入钻研时，他发现晋以前有关针灸的医书文辞古奥，且“文多重复”，于是他按照“事类相从，删其浮辞，除其重复，论其精要”的标准编撰出了我国医学史上第一部针灸学专著——《针灸甲乙经》。
淡泊明志、宁静致远、安贫乐道的处世精神 中国的传统向来是“学而优则仕”，但是由于魏晋时期，司马家族实施文化高压政策，给当时的文人的心灵上留下了难以挥去的阴影。当时的文人高士无不惧于复杂黑暗的社会形势，放浪形骸，追求精神的自由。对朝政不满的皇甫谧也不例外，他不愿与当政者同流合污，但他也不像其他的魏晋名士那样一味追求孤芳自赏，放诞任性，纵情山水，而是自有他的法度，突破那种极端的虚无主义，克服自身的疾病困扰，以儒家兼济天下的社会理想为己之重任，一心研读医理，疗救人间疾苦。
他常说;“非圣人孰能兼存出处，居田里之中亦可以乐尧舜之道，何必崇接世利，事官鞅掌，然后为名乎!”这种高洁之志贯穿他的一生，曾七次拒绝朝廷的征诏，并作《玄守论》表明自己“贫者士之常，贱者道之实，处常得实，没齿不忧，孰与富贵扰神耗精者乎!”的志向。