义熙八年（公元412年）十一月，刘裕成功平定刘毅的消息传入建康，人们欢呼雀跃，但有一个人却怎么也高兴不起来，这个人就是诸葛长民。此时的诸葛长民以监太尉留府事驻守建康，按理说和刘裕一起起兵的他不应该对刘裕的胜利忧虑不已。这是怎么回事呢？
原来在此期间诸葛长民骄纵贪侈，多做不法之事，聚敛珍宝美女、营建府第屋宅，丝毫不知节制，刘裕不在期间，诸葛长民更残暴凶虐，百姓为此苦不堪言。但他不是不知道自己的所做所为很有可能会被刘裕追究，只不过他觉得刘裕和刘毅交战，胜负未知所以还抱有侥幸。谁料刘毅迅速溃败并被诛杀，诸葛长民顿时感觉大祸临头，于是准备铤而走险打算造反。但诸葛长民想要造反并不容易，刘裕早就安排了刘穆之掣肘他。于是诸葛长民向刘穆之探听口风：“悠悠之言，皆云太尉与我不平，何以至此？”刘穆之不慌不忙地说：“公溯流远征，以老母稚子委节下。若一豪不尽，岂容如此邪！”刘穆之一席话让诸葛长民犹豫了，其弟诸葛黎民却劝他要趁刘裕未返建康就造反。诸葛长民觉得光靠他们自己不保险，想拉拢刘敬宣一起造反。但刘敬宣委婉拒绝，并将此事向刘裕报告。刘裕知道后，更坚定诛杀诸葛长民的决心。
刘裕虽然知道诸葛长民有造反的可能，却没急于返回建康。如果火速返回反倒可能逼得诸葛长民立马造反，建康有刘穆之在，一时问题不大。此时刘裕考虑更多的是荆州西边的谯蜀。谯蜀占据益州又向后秦称臣，对东晋威胁巨大，东晋此前也多次派人征讨谯蜀，但都无功而返。不仅如此，义熙六年（公元410年），谯蜀更是趁着卢循之乱准备趁火打劫。谯纵以桓谦为荆州刺史，以谯道福为梁州刺史，起兵两万攻荆州，并派人与卢循联系。后秦那边姚兴也派前将军苟林率骑兵前来相助。谯蜀军在谯道福率领下攻破巴东，杀死晋的守将时延祖等。桓谦利用桓氏在荆州的声望招集旧部，很快就有了两万人马，桓谦带着这支队伍进驻江陵西北的枝江。苟林的骑兵在寻阳击败了刘道规派往救援建康的司马王镇之，卢循于是以苟林为南蛮校尉，并分配兵力给他作支援，命他进攻江陵，并假称徐道覆已经攻下建康。苟林进驻到江陵以南的江津。
此时的江陵无疑处于危机之中，强敌来袭，又无援军，城中又有不少人怀有异心，暗中将城内虚实告知桓谦，作为内应。危难之际刘道规为了稳定人心，故意打开城门，任由城中军民出城投奔桓谦。刘道规此举使得江陵军民大为畏服，无人敢于离去。与此同时雍州刺史鲁宗之率数千人由襄阳南下救援江陵。但不少人怀疑鲁宗之别有异图，刘道规却对其信任有加，单骑出城迎接。鲁宗之亦为之感动，二人遂联手抵御桓谦。刘道规委之以守江陵的重任。自己率统全军之众，先是击败了桓谦，随后回师打败苟林，取得了最终的胜利。
虽然经过这一战谯蜀已无力再入侵东晋，但其存在本身就是种威胁，刘裕决定趁着这次平定刘毅顺便把谯蜀解决了。但谁来做这个伐蜀统率却让刘裕思考了一番，刘道规此时已经病逝，其余将领各有优缺点，最终刘裕下定决心，让朱龄石担此重任，众人吃惊不已，以其资历尚浅表示反对。朱龄石，字伯儿，沛郡沛县人。家族世代担任将帅。刘裕攻克京口时，任他为建武参军。因为桓氏对其家族有恩，所以朱龄石特别请求刘裕交战时让他在后军不想和桓氏交战，刘裕赞许他的义气同意了。在这之后朱龄石帮助刘裕平定姚系祖的叛乱，又追随刘裕参与北伐南燕、平定卢循之乱。刘裕讨伐刘毅之时，朱龄石也在其手下。经过多次战役，刘裕深知朱龄石军事才能卓越，又实战经验丰富，是不可多得的帅才。
于是义熙八年（公元412年）十二月，刘裕不顾他人反对，提拔朱龄石益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。大军出发前刘裕和朱龄石讨论作战策略，刘裕认为鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，这次谯蜀会认为晋军出于出其不备的可能仍旧选择从内水进攻 。因此他认为谯蜀会置重兵在涪城，所以这次决定晋军主力从外水进军成都，以疑兵出内水。为免军情外泄，刘裕特别将一封密函交给朱龄石，示意到白帝时才能打开，故此大军自江陵出发后一直都不知循何道进军，谯蜀亦无从探知刘裕的图谋。
义熙九年（公元413年）二月，处理完荆州事宜的刘裕班师返回建康，但出人意料的是刘裕命辎重与他一同回去，结果大大延缓了行军速度，到了约定回去的日子仍未回去，诸葛长民和百官只得多日在新亭守侯刘裕到来。其实这时刘裕对诸葛长民的疑兵之计，刘裕出发没多久就坐小船入建康，悄悄返回了建康。三月丙寅日，诸葛长民知刘裕回来了，惊讶之余亦到东府见刘裕，刘裕也命壮士丁旿躲起来，然后才接见诸葛长民。二人见面后，笑谈如平日，诸葛长民谈得十分高兴，就在他放下戒心后，丁旿就走出来，用杖击杀诸葛长民，并将尸体送到廷尉。诸葛长民死后，刘裕立刻派人杀长民的兄弟。
六月，朱龄石大军抵达白帝城，按照之前刘裕指示，朱龄石公布密函：“众军悉从外水取成都。臧熹从中水取广汉，老弱乘高舰十馀，从内水向黄虎。”知道行军目标后，大军在朱龄石率领下加速行军。晋军来袭，谯纵连忙调兵遣将应对，但不出刘裕所料，谯纵把防御重点放在了内水，命谯道福在涪城驻以重兵，又派侯晖和谯诜率领万余人马屯守彭模，依水两岸建城垒作防御。很快朱龄石率大军抵达彭模，见谯蜀军防御坚固，又考虑到天气炎热，强攻不仅难以成功，还会使己方疲乏困顿，于是他找来刘钟商议想让大军养精蓄锐，等待战机。但刘钟却不赞成这样做，他认为由于之前采用了声东击西，扬言大军经内水进攻，谯道福是不敢轻易离开涪城的。彭模这里的守军也因为晋军主力的到来而惊恐不已，此时应该借着这个势头一举拿下彭模，随后就可直攻成都。如果选择和地方对峙，谯蜀就会知道晋军的真实意图，到时涪城的军队就会前来支援，晋军非但难以抵抗，更有可能因为粮草不济而成为俘虏。朱龄石认真听取后采纳了刘钟的建议，决定进攻。
但怎么进攻又成了争论的焦点，诸将认为北面的堡垒地势险要而且重兵把守，进攻起来有难度，所以想先攻南岸的堡垒。但朱龄石认为，先拿下南岸还是要面对北岸之敌，与其这样还不如先攻破北面的强敌，南边的也就会不战自溃。商议完毕，朱龄石就率领大军对北面的堡垒展开进攻，经过激战顺利拿下目标并斩杀了侯晖和谯诜，随后率军前往南边的堡垒，不出朱龄石所料，南边的守敌不战自溃逃走了，朱龄石随即舍弃战船改为步行向成都进攻。，进攻成都。朱龄石高歌猛进时，从中水进军的臧熹也有所斩获，攻克牛鞞斩杀谯抚之，驻守打鼻的谯小苟也不战自溃，谯蜀一系列的失败宛如多米诺骨牌，谯蜀其他地方的守军都被吓得望风奔溃。
谯纵得知各地守军都已溃败，知道大势已去，于是在七月戊辰日，选择放弃成都逃跑，尚书令马耽则将府库封存待晋军来到接收，壬申日，朱龄石进入成都，诛杀了谯纵同祖父的亲属，其余的人都安居如常，让他们恢复正常的生产经营。谯纵逃离成都后，先去辞别祖先陵墓，这时他女劝他，逃是逃不掉了，与其受辱还不如死在祖先墓旁，这建议谯纵哪里听得进去，他准备投奔涪城的谯道福。此时的谯道福知彭模失守，也急忙率军回防成都，半路正好和谯纵相遇。一国之君没有抵抗就选择逃跑，这种举动激怒了谯道福，他先是把谯纵怒骂了一顿，随后更将剑扔向谯纵，打中了他的马鞍。谯纵见此情景只能离开，最终自缢而死，巴西人王志砍下他的首级呈送晋军。谯道福这边倒是仍然想一战，他不仅亲自演说鼓舞将士，还散尽家财奖赏将士，这些将士嘴上说着支持但在拿到财物后又都跑了。谯道福只能逃到獠族住地，但被巴西人杜瑾所捕送给晋军，在军门处斩，谯蜀到此灭亡。
灭亡谯蜀，益州重归东晋，不仅如此，义熙九年（公元413年），刘裕任命索邈为梁州刺史，后仇池国杨盛任命的行梁州刺史苻宣撤回仇池，移交汉中。自此刘裕重新完成了东晋的统一，接下来就是要对付北方的敌人了。