想要清理沉底的粪便，可以加强鱼缸的过滤，提高水泵的功率，水流速度快了，就能将粪便带到滤槽中，从而保持鱼缸内的整洁。除此之外，还可以在换水的会后进行清理，用管子将缸底的水抽出，这样也能把粪便吸出来，之后再兑入新水。或者还可以养清洁鱼，短期内也能清理干净。
一、加强过滤
鱼的粪便之所以沉底，主要是由于水流受限导致的，粪便无法跟随其进入到滤槽中，就会在缸底越积越多，从而大大影响观赏性。加强过滤有两个方面，一个是提高水泵的功率，这样可以加快水流速度，从而更好的将粪便冲走。另一个就是建立硝化系统，虽然硝化细菌并不能对清理粪便有直接帮助，但它可以将粪便分解后产生的氨氮转化成为硝酸盐，避免对鱼儿造成毒害。
二、换水清理
除了用过滤的方式来清理鱼缸底部的粪便外，还可以在换水的时候进行清理。准备一根软管，将其通到鱼缸的底部，另一头则要放低，通过虹吸法将缸底的水吸出，这样也能将粪便带出来了。当然，抽出旧水后，还要从缸壁处兑入新水。如果平时也用这种方式换水，自然不会觉得麻烦，但没用过的可能会有一定难度。
三、养清洁鱼
如果只是想短时间内清洁缸底的粪便，养清洁鱼也是不错的选择，一般用的都是清道夫，它可以将水底的污物吸走，从而让鱼缸看起来更加的干净整洁。需要注意的是，清洁鱼并不是只吃不拉的，一旦排泄后，情况就会和之前一样，所以这个方法治标不治本。