现中学语文课本中的《桃花源记》中心思想，是在没有揭开桃花源未解之谜之前，以致不能完全正确地读懂文本、仅依据其文句的表意，就胶柱鼓瑟地望文生义而作的错误总结，与其客观事实相去甚远绝不相符，既不知其然又不知其所以然，没有从文字的表意去透过现象抓住本质，从而误导了学生。
千百年间在解读该文时，很少从政治上的打击迫害和文学上的廋词隐语等方面进行析疑解惑，才会顾名思义地胡思乱想，导致不能对其深厚意蕴解密揭秘。所有研究桃花源的无不背离历史、地理、文本、人物身份等常识和要素形成的事实，牵强附会地误解其意，其结果必然无可挽回地钻入了牛角尖，误把不是桃花源之地改头换面。从古代黄闵到近代陈寅恪和其他研究者，概莫能外。
记中的武陵人和太守及秦时乱等，因作家受到政治牵连和创作奇文，绝不会倾心吐胆透露真相，只有用这些隐语来借代，这样就不能说文解字、据字生意、采意断义。如习焉不察地实解其义，就无法与人物、历史、文意等要素和基本常识相符，一旦与文本的实际背道而驰，就是徒劳无益的。试问武陵人怎么是武陵地区的渔人？无论如何都拿不出实质证据。
从政治上，所谓武陵渔人是受了敌对势力打击才去桃源的，在政治牵连和迫害中，唯有躲祸避世才是唯一生路，而对桃花源仙境感兴趣的唯有高士名士，因他们需要选择与反动统治相对立的美好社会避世。从社会上，渔人对本地水域了如指掌，不可能突然发现仙境，虽符合游仙小说特征，但陶是把桃花源美好社会作为一个在黑暗统治下唯一的理想仙境去追寻的，更加衬托了世外桃源的难求。只要依事实作理性分析，就知这是个冒充武陵渔人又对桃源不熟远道来的高士。从文学上，武陵人、太守、秦赢氏等都是一语双关的隐喻，以此隐喻借代现实中真实的历史人物刘子骥、陶渊明、刘裕，故不能从字句的表面去解读，虽然依表面分析也说得过去，但与事实真相就相差十万八千里了，其与核心思想也就风马牛不相及了。
从历史上，秦到晋末六百年，中国绝无如此持久的无战乱无官府的原始村落。故这里的秦就不是真秦，而是隐喻北方战乱的。那时全国各地都处于战乱中，只有道教中心的南岳衡山才能形成无官府、无战争、鸡犬相闻、怡然自乐桃花源的各种条件，而且陶刘二贤本来就是道教徒并在此幽居；从地理上，口与洞的概念不能混淆，否则就是非不分，真假不辨了。陶用字是严格的，他俩在此幽居亲见的是口，是从口入，非从洞入。所以那些谬解为大小穿洞的，就篡改了地貌这个重要的地理标志，无任何说服力，说也不会相信。因各地都无陶刘俩幽居的往迹，其地之溪河更无大水和山洪去浸复湮；从阶级上，皇权等级森严，底层渔人有自知之明，不会去找太守告什么密。因此，这渔人是与上层关系最好的假渔人，意既是用渔人来掩盖渔隐名士刘子骥的真实身份。在阶级社会，受剥削的底层是刻骨仇恨统治阶级的，不可能是真什么渔人去告知真太守这么回事，只能是志趣相投的刘陶俩的故事，等等。
故武陵和各地具有许多暴露无遗的错误，触目皆是，打造的冒牌货与桃花源相差十万八千里，都是不符事实、不合情理的，绝无史实依据，即使有也是后人主观臆断的，离开了客观事实和原始证据，一切主观因素都是错误的。这些假证据既不符文章逻辑，更不符历史事实。对于奇、隐、谜文，不可能轻而易举地从表面得到疑义相析之道。本来文末就明示了高士刘子骥，此谜团就端倪可察了，否则，上段武陵人找不到桃花源就结束了，无需节外生枝刻意来交代刘，其目的就是点明刘，来暗示刘就是上文的武陵人。但遗憾的是都被表象迷惑，难以发现潜伏在文后的真意，只看到隐语武陵人，却漠视主角刘和已幽蔽了的真实衡山。
因此，《桃花源记》的主题思想是：通过用借代为武陵渔人的渔隐名士刘子骥探访衡山桃源寻求避世仙境，并告知喻为太守的陶渊明共同到此幽居的亲身经历，热情讴歌了宁静安乐的桃源仙境里没官府、无战乱、不剥削，人人安居乐业、和睦相处、自由快乐的大同理想社会；高度赞美了受政治牵连、不与黑暗同流合污的陶刘二贤，为避开乱政暴世去桃源追求美好生活的青白高洁的人格精神；强烈地谴责和彻底批判了无道无德、阴险狡诈、随意杀戮而带来残暴乱世的歹毒军阀刘裕，破坏正常的政治和生活秩序，给人们给贤者带去深重灾难而民不聊生；真实反映了在恐怖统治下，为保护避世的高士和避乱的农夫，不得不幽蔽美好桃源的真相；强烈寄托了劳动人民和先进高级知识分子拒绝官场腐败为争权夺利祸害人民残杀异己暴行的美好愿望。