9月16日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例84例。其中境外输入病例22例（云南16例，河南2例，广东2例，上海1例，浙江1例），含2例由无症状感染者转为确诊病例（浙江1例，河南1例）；本土病例62例（福建61例，其中厦门市31例、莆田市28例、泉州市1例、漳州市1例；云南1例，在德宏傣族景颇族自治州），含1例由无症状感染者转为确诊病例（在福建）。无新增死亡病例。新增疑似病例2例，均为境外输入病例（均在上海）。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者20例，其中境外输入14例，本土6例（均在福建莆田市）；当日转为确诊病例3例（境外输入2例）；当日解除医学观察12例（境外输入11例）；尚在医学观察的无症状感染者378例（境外输入359例）。
16日，居民在福建省仙游县一核酸检测点接受核酸采样。张斌 摄
福建漳州有新增，中小学、幼儿园暂缓入校
继莆田、泉州、厦门后，本轮福建疫情再传一地。
据漳州市应对新冠肺炎疫情工作指挥部消息，9月16日凌晨0时10分，漳州市台商投资区发现1例新冠病毒核酸检测阳性患者。
该患者9月15日下午6时因喉咙痛、低烧就诊漳州某医院发热门诊，经复核，核酸检测阳性。根据患者的流行病学史、临床表现及实验室检测结果，初步判定该病例为新冠肺炎确诊病例（轻型），感染来源为患者所在单位厦门同安区湖里工业园某公司的同事。
同日，疫情工作指挥部对漳州全市学校发布最新要求：
全市小学、幼儿园继续暂缓入校，实行线上教学，具体返校时间另行通知。
全市中职学校、中学自9月17日起暂缓入校，转为线上教学，具体返校时间另行通知。高三年级是否启动线上教学，由各地各校根据具体情况提出方案报当地疫情防控指挥部同意后实施。
生源地（包括实际居住地）属莆田、厦门、泉州的寄宿制学校学生暂不离校，学校要做好校内线上教学和服务保障、人文关怀等工作。
全市民办学校也应参照公办学校对应执行。
全市校外培训机构、高辅机构暂停一切线下活动。
厦门这些地方划定为高中风险地区
厦门市应对新冠肺炎疫情工作指挥部发布第8号通告，根据当前厦门市疫情防控实际情况，现就有关事项通告如下：
经专家研判，自2021年9月17日起，以下区域为高风险地区：
1、将划定的高风险地区（同安区新民镇湖里工业园以东、同明路以西、集安路以南、集贤路以北）范围扩大至同安区新民镇乌涂社区
2、同安区新民镇西塘社区
以下区域为中风险地区：
1、思明区中华街道仁安社区部分区域[苏厝街14-1、14-2、16、18、20、26、28、30、32、34、71、73、75、77、91号，外清巷1、2、3、3-1、3-5、4、6、8、10、13、17、19、21号，盐溪街12号-36号（双号）、1号-33号（单号）、52号-58号（双号）、62号-70号（双号）、78号-102号（双号），虞朝巷（全部门牌号），吴厝巷9、10、11、12、13、14、16、17、19、21、23号
2、思明区开元街道后江社区福满家园小区
3、同安区西柯镇官田洋一里
4、同安区新民镇梧侣村
5、同安区新民镇柑岭村
莆田疫情疑似源头或在隔离期被感染
9月16日下午，国务院联防联控机制召开新闻发布会。
针对在福建发生的聚集性疫情中，有病例是在隔离期间多次核酸检测均为阴性，21天解除隔离后转为阳性这一现象，中国疾控中心免疫规划首席专家王华庆介绍：目前根据流行病学调查，还有抗体水平检测，尤其是根据基因测序的分析，认为该名病例有非常大可能性是在隔离期间感染上的，从而导致了后续疫情的发生。
专家研判：福建疫情仍处于上升期
福建近日已报告超200例阳性病例。据央视新闻报道，国家卫健委赴福建工作组专家研判：
1、目前福建疫情处于上升期，疫情形势依然十分严峻；
2、莆田疫情低龄儿童感染多，目前症状较轻；
3、目前还未发现疫情向外省外溢，福建省内其他城市应提高警惕。
云南新增1例本土确诊
9月16日0—24时，云南省新增境外输入新冠肺炎确诊病例16例、无症状感染者4例。新增本土确诊病例1例，该病例系9月15日瑞丽市报告本土确诊病例的密切接触者，于9月16日在集中隔离重点人群核酸检测中发现，转运至定点医院隔离诊治。结合流行病学史、临床表现和实验室检测结果，诊断为新冠肺炎确诊病例。