1、干刷，金刚菩提子买回来的时候，有的没有经过深度清洗，可能不太干净，这时候就要深度清理。也有些人买金刚菩提子的时候，为保持纯正，就买一些未去皮的或者将去皮的金刚菩提子，这种菩提子，完全没有经过清理，非常的脏，所以更要进行深度清理。用细针将金刚菩提缝中的杂质一一剔除。然后，用钢丝刷子整体刷几遍，一直到刷到整体干净为止。直到这个时候，金刚菩提才算基本干净。而剩余的金刚菩提缝中的残渣，以后也会自然脱落的。
2、水洗，水洗可以清洗已经有包浆的珠子，而不能清洗新的金刚菩提，新珠子浸泡到水里容易引起裂纹。将脱去青皮的金刚菩提子，放到水中浸泡，最好是温水，浸泡2到3个小时，直到杂质开始变得松动之后，就开始用文玩清理水枪，进行喷水清理。水洗是最快的清洗方法，也是最干净的清洁方法，只是是不能清洗新的金刚菩提。
3、水刷，水刷和干刷的区别差不多，只是一切工序在水里进行。要说区别就是水刷清洗得稍微快一点，效率高一点。在水中，脏东西会软化的快很多，用铁丝刷子刷一遍，基本上就都清洗干净了，比较省时间。