1、称号不同，“太祖”是庙号，“高祖”是谥号+庙号。2、亲属称谓不同，“太祖”指的是先祖，而“高祖”则指曾祖的父亲。3、含义不同，“太祖”还可指事物的原始，而“高祖”并没有这个意思。4、太祖作为帝王庙号使用，多为创基立业者，常见于开国皇帝，也有为其先人追授者。 高祖多为开国之君的庙号。
高祖是古代帝王的庙号，著名人物有北魏高祖元宏、隋高祖杨坚、唐高祖李渊等。
太祖也是皇帝庙号。多用以称开国君主，如汉太祖、宋太祖、明太祖。也可以用来表示事物的原始，出自《文子·道原》：“夫无形者，物之太祖。”
在宗庙制度里，“太祖”是有特殊含义的，所谓天子七庙，最流行的学说就是“一祖二宗四亲庙”。这个“一祖”，指的是始祖，即所谓始受封者，就是第一个接受分封的人。