后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继位。1661年8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。
到1662年1月22日，莽白将永历帝献给吴三桂，明朝皇统彻底灭亡。
吴三桂见到朱由榔时的心态是十分复杂的。出于现阶段的立场，已是满臣的他不得不限制永历帝的人身自由；出于前朝的隆恩，他又给了朱由榔最好的照料。
所以，这个南明末帝穿着得体的服装，端坐在禁室里，仍保留着体面。
回想起两人的会晤，吴三桂不由得一阵面红耳赤，他又想起永历帝对他的那一番大义凛然的谴责。
吴三桂纵横半生，何尝在谁人面前表现得如此低三下四？就算是鞑子皇帝，也没有让吴三桂感受到如朱由榔一般的威慑力。
所以，从这以后吴三桂每次都打发人去观察朱由榔的情况，自己则决计不会再踏入禁室半步了。
南朝户部尚书龚彝筹措了丰盛的酒宴，想要奉献给朱由榔。谁知，守门的士兵不近人情，他们严词拒绝了龚彝。
龚彝大声说道：“我是大明的臣子，想要见大明的天子，有何不可？更何况即便是蛮夷也要讲究君臣之道，我求见天子你们凭什么阻挠？”
一番话，说得士兵灰溜溜地跑去见吴三桂，向他请示该怎么办。
吴三桂心中满怀对前朝的愧疚，所以他并没有为难龚彝，准许他进入禁室会见朱由榔。
龚彝恭恭敬敬地将碗碟摆好，然后对着南明天子行三跪九叩之礼，亲自为他倒满酒杯。原本，朱由榔不喜欢喝酒，但此情此景令人伤怀，于是他便在龚彝的期待下满饮三杯。
突然间，龚彝站起身来，用尽全身力量将脑袋撞向柱子。一声巨响，龚彝头破血流，倒在地上一命呜呼。
朱由榔做梦都没想到，自己的臣子中竟还有如此忠心耿耿之士。他缄默了好久，终于忍不住悲痛的情绪，趴在爱卿的尸身上痛哭流涕。
永历帝和他的母后、皇后均已身陷囹圄，成了吴三桂的俘虏。
这两个生命中最重要的女人是否安好，朱由榔不得而知。在度日如年的囚禁生活中，朱由榔只剩无尽的绝望。
后来这件发生在云南的谋反案，让吴三桂彻底下定了除掉朱由榔的决心。
当时留守在云南的满人军官里，有个甲喇章京（官职名）想要靠朱由榔的身份建功立业。
他与一些满人联合到一起，计划将朱由榔劫走，然后带着他前往陕西，凭借朱由榔的声威招兵买马。
没有什么比扶持落魄君主更大的功劳了，这几个满人想要通过这种办法投机取巧，成为朱由榔政权的复国元勋。不过，帮助朱由榔复辟这种事从满人嘴里说出，显然有些滑稽。
没过多久，便有人走露了风声，以至于，举事的甲喇章京和十个参与者全部落到吴三桂的手里。
之后，吴三桂毫不含糊，直接将这十一人处以极刑。
显然，像这种想凭借南明皇帝特殊身份牟利的家伙大有人在。
于是，吴三桂请奏朝廷，称倘若按照原定计划将朱由榔押送到京城，一路上肯定有反清的逆贼劫囚。为了防止夜长梦多，不如将其就地正法。
在得到了批准之后，吴三桂便在同年4月14日，将朱由榔及其家眷共计二十五人带到了篦子坡，打算将这最后一批前朝宗室处以极刑。
6月1日，朱由榔遭吴国贵用弓弦勒死后，其身亡之处被改名为了“逼死坡”。
在押解的过程中，还发生了这样一件事。
朱由榔的夫人，也就是南明王皇后，她觉得自己是母仪天下之人，不该以这样的方式死去。
不甘心的她，与马太后互相鼓励，相约以身殉国，婆媳二人相互掐住对方的喉咙，竟硬生生地将对方扼死了！
这种悲壮的死法，连老天都为之动容。在她们离世的那一瞬间，天上突然掉下雨点，转而演变成瓢泼骤雨。
时至今日，在提到南明皇帝朱由榔时，人们仍为他的境遇感到惋惜。
永历朝并不是一个成功的政权，它和弘光、隆武等南明政权一样，都有着各种各样的时弊，且朝中官员大多腐败。
不过，永历皇帝朱由榔的品德和作风均为人称道，他是一个务实的皇帝，反对骄奢淫逸之风，生平极少饮酒，也不喜欢沉浸于声色。
朱由榔最大的兴趣，就是与朝臣共同探讨史上的忠义典故。很少有皇帝像朱由榔这样，对母亲奉行孝道，对夫人忠贞不二。
这样一位皇帝，若能活在大明王朝的其他时期，一定会开创和平盛世。
然而，时代限制了他的出身，给了他不可能完成的任务，所以自永历帝登基的那一刻起，他的结局就已注定了。